conda使用

常用指令

查看版本

conda --version

新建环境

conda create --name your_env_name
your_env_name是环境名称,对环境的操作后面会详述

激活环境

conda activate

添加channels(相当于R的镜像源)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

包管理

查看

查看特定包

conda search fastqc

安装

安装特定包

conda install fastqc

安装特定版本的软件包

conda install fastqc=0.11.6

安装多个包

conda install fastqc multiqc

更新

更新包

conda update fastqc

更新python

conda update python

更新conda本身及Anaconda元数据包

conda update conda
conda update anaconda

防止包更新

conda update fastqc --no-pin

删除

删除包

conda remove pkg_name

删除特定环境中的包

conda remove -n env_name pkg_name

删除多个包

conda remove pkg_name1 pkg_name2

列出

列出当前包

conda list

列出特定环境所有包

conda list -n env_name

环境管理

列出已有环境

conda env list

创建特定名字的环境

conda create -n env_name

使用特定版本的Python创建环境

conda create -n env_name python=3.4

使用特定包创建环境

conda create -n env_name pandas

用 environment.yml 配置文件创建环境

conda env create -f nvironment.yml

导出环境文件

激活
conda activate env_name
导出
conda env export > environment.yml

激活环境

conda activate env_name

停用环境

conda deactivate

查看环境

conda info -e

删除环境

conda remove -n your_env_name --all

conda remove --name your_env_name --all

不同机器间环境复制

激活需要导出配置文件的环境
conda list --explicit > files.txt
在同系统的不同机器执行
conda create --name env_name -f files.txt

同一台机器环境复制

conda create --name clone_env_name --clone env_name

导出requirements.txt文件

conda list -e > requirements.txt

根据requirements.txt安装

conda install --yes --file requirements.txt

pip 导出requirements

pip freeze > requirements.txt

pip导入requirements

pip install -r requirements.txt

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